?

Вот некоторые 'от природы' грамотно пишут. Ну, конечно, тут дело в знании правил языка. В случае русского - всякие проверочные слова и т.п. Наверняка, играет роль начитанность, помогает инстинктам правописания.

А вот насколько тут важен фонетический момент? Например - диалект или акцент на котором говорят окружающие? Или, может, наличие у человека музыкального слуха?

Ведь в случае с моим пятилетним сыном, ни о каких начитанности или знании правил и речи быть не может.